De retour à Paris, Jean-François-Marie travaillait directement pour
le Comte Despinoy*, général d'une dureté inexorable. Il faisait aussi fonction de chef de la Police Militaire et c'est à ce titre qu'il lui est arrivé une triste mésaventure, l'affaire du Comte Pontis de Sainte-Hélène.
Fin 1818, le Comte Pontis de Sainte-Hélène s'est présenté pour un interrogatoire. Ses documents étaient douteux mais le roi lui-même qui lui avait accordé sa faveur était convaincu qu'ils étaient authentiques. Plusieurs personnes, lors de la Révolution française avaient saisi l'occasion de se forger une nouvelle identité. Le Comte avait été convoqué pour prouver qui il prétendait être. Son interrogatoire était une affaire délicate. Comment les autorités pouvaient-elles se méfier d'un officier qui était Lieutenant-colonel et que l'on avait décoré non seulement de la Légion d'honneur, mais aussi de la Croix de Saint Louis pour les valeureux services rendus à son pays ? Il n'était pas en état d'arrestation, mais, après l'interrogatoire, il fut gardé dans le quartier des officiers pour la nuit. Le matin Despinoy a suggéré qu'il rentre chez lui pour chercher ses papiers, accompagné par Jean-François-Marie, un gendarme, et un salarié du Bureau de Police. Cette enquête devait rester secrète.
Jean-François-Marie a protesté, mais a ordonné d'obéir aux instructions. Comme le Comte avait été gardé dans le quartier des officiers, une fois rentré chez lui, il a demandé la permission de changer de vêtements et a donné sa parole de gentilhomme, qu'il ne profiterait pas de l'occasion pour s'échapper. Les officiers ont soigneusement examiné l'alcôve où le Comte devait se changer et n'ont rien trouvé d'anormal. En actant sur le conseil qui lui a été donné par Despinoy, en partant du principe que le Comte de Sainte-Hélène était innocent jusqu'à preuve du contraire, Jean-François-Marie l'a fait jurer sur le serment de Saint-Louis et lui permit d'entrer dans le cabinet. Cependant, le Comte de Sainte-Hélène était en fait un ancien forçat, Pierre Coignard. Silencieusement Coignard a ouvert une porte dérobée et s'est échappé. Il a été retrouvé quelques temps plus tard par un autre célèbre forçat Vidocq.
Cette aventure a failli coûter sa carrière à Jean-François-Marie. Il dut se battre pour son honneur. Certains ont demandé sa démission mais Despinoy l'a soutenu. Jean-François-Marie a demandé un congé de deux mois pour résoudre le problème.